Для флавоноидов не существует универсального метода выделения из растительного сырья, так как они существенно различаются по своей растворимости в воде и органических растворителях. Наиболее часто применяют избирательную экстракцию, осаждение солями тяжелых металлов и хроматографические методы.

Для удаления из сырья липофильных веществ его обрабатывают петролейным эфиром или хлороформом. Затем проводят экстракцию флавоноидов одним из подходящих растворителей: этанолом или метанолом различной концентрации, бутиловым спиртом или этилацетатом. Извлечения упаривают под вакуумом при температуре не выше 40-70⁰ С и очищают с помощью колоночной хроматографии или другим методом.